Nacido en Madrid en 1963, Duque es Ingeniero Aeronáutico por la Universidad Politécnica de Madrid (Escuela Técnica Superior de Ingenieros Aeronáuticos) y es Académico Correspondiente de la Real Academia de Ingeniería de España (RAING) desde 1999.
Tras conocerse su nombramiento, Duque ha publicado un tierno mensaje en Twitter dedicado a su madre y con una viñeta de Forges.Con dicho nombramiento, Pedro Sánchez fusiona de nuevo bajo un mismo departamento las competencias en Ciencia y Universidad que ya sumó José Luis Rodríguez Zapatero en el Ministerio de Ciencia e Innovación creado en su segundo mandato, y al frente del cual situó a Cristina Garmendia.